Брнабићева је венац положила у присуству министара Небојше Стефановића, Александра Антића, Зоране Михајловић, Синише Малог, Ненада Поповића, Младена Шарчевића, Вање Удовичића, Неле Кубуровић, Славице Ђукић Дејановић, као и државног секретара у Министарству спољних послова Вељка Одаловића.
Ђинђић је убијен 12. марта 2003. године испред улаза у Владу Србије у Немањиној улици у Београду.
У првом саопштењу после убиства премијера, Влада Србије је као организаторе и починиоце атентата означила криминалце из такозваног земунског клана, а као коловође групе идентификовала некадашњег команданта распуштене Јединице за специјалне операције (ЈСО) Милорада Улемека Легију, као и вође криминалног земунског клана Душана Спасојевића Шиптара и Милета Луковића Кума.
Влада Србије је, такође, саопштила да је тог дана требало да буде потписан налог за хапшење чланова „највеће организоване групе на простору бивше Југославије“, како је означен земунски клан.
Ђинђић је у једном од последњих интервјуа пред убиство, а након неуспелог атентата 24. фебруара 2003. године на ауто-путу испред Београдске арене, демантовао тврдње да је са такозваним „црвеним береткама“, припадницима ЈСО, склопљен договор да 5. октобра 2000. помогну у збацивању Слободана Милошевића у замену за „неко право изнад закона“.
Неколико сати након убиства Ђинђића проглашено је ванредно стање у земљи, које је трајало до 22. априла, када је укинуто на предлог Владе Србије.
Ђинђић је сахрањен 15. марта у Алеји заслужних грађана на Новом гробљу у Београду, уз присуство више од 70 страних државних делегација. У погребној поворци на улицама Београда било је више стотина хиљада грађана.