Шојгу је први пут на државну функцију дошао 17. априла 1991. године одлуком Савета министара РСФСР-а, када је именован за председника Руског спасилачког корпуса, који је касније постао један од најбољих у свету.
Како „Звезда“ истиче, још тада је Шојгу развио препознатљив стил руковођења — он никада није руководио операцијама из канцеларије, већ се увек налазио на месту догађаја, тамо где је висок ризик.
Већ следеће године, након Осетско-ингушког сукоба, Шојгу није постао само главни спасилац у земљи, него и миротворац, јер је успео да пронађе заједнички језик са зараћеним странама.
Потом, након једне његове изјаве да је служба за ванредне ситуације ван домашаја политике, Шојгу је постао и „херој“ Русије, а то звање је званично добио 1999. године.
Четири године касније министар је добио чин генерала војске, а након девет година рада у Министарству за ванредне ситуације Шојгу је преузео дужност гувернера Московске области, након чега је именован за министра одбране Русије. На тој позицији се налази све до данас.