Приликом саслушања у Сенату Саливан је обећао да ће заузети чврст став према Русији, снажно се успротивио поновном уједињењу Крима са Русијом и оптужио је Москву за мешање у америчке председничке изборе 2016. године. Он је позвао на „снажан“ одговор на „упад Москве у нашу демократију“.
Амерички председник Доналд Трамп именовао је 11. априла 2017. године Саливана за заменика државног секретара.
Саливан је био вршилац дужности америчког државног секретара од 1. до 26. априла 2018. године после оставке Рекса Тилерсона. У јулу 2019. године предводио је америчку делегацију у преговорима с Русијом о стратешкој безбедности, који су одржани у Женеви.