Шојгу је на чело Министарства одбране постављен у новембру 2012. године, где је заменио Анатолија Сердјукова. Руски председник Владимир Путин је том приликом рекао да нови министар одбране „треба да буде човек који може да настави све позитивне ствари у циљу динамичног развоја Оружаних снага, да обезбеди реализацију државних набавки и свих великих планова о модернизацији руске војске“.
Оружје без премца у свету — „Циркон“, „Сармат“, „Авангард“
Пре него што је преузео одговорност за одбрану државе, Шојгу је од нуле формирао потпуно ново одељење. Руски спасилачки корпус који је настао 1991. године, када је земља била у тешком периоду, за 20 година под руководством Шојгуа постао је ефикасно средство за спашавање живота, а одељење је добило признање у целом свету.
Руски спасиоци су учествовали у елиминисању последица ванредних ситуација, као и у хуманитарним операцијама у многим земљама света.
Након што је дужност министра за ванредне ситуације накратко заменио функцијом губернатора Московске области за време председника Дмитрија Медведева, Шојгу се поново нашао у саставу Владе, али као министар одбране Русије.
Када је дошао на чело Министарства одбране, Шојгу је почео са градњом Националног центра за управљање одбраном Русије (НЦУО). За годину дана је никао један од најмоћнијих центара управе у свету.
Удео савремених јединица војне технике у руској војсци крајем прошле године достигао је 68,2 одсто.
Истовремено, удео савременог наоружања у Ракетној војсци стратешке намене премашио је 76 одсто, а у нуклеарној тријади чини 82 одсто.
Крајем прошле године на дужност је ступио први ракетни пук наоружан ракетним системом „Авангард“ са хиперсоничним крстарећим блоковима, а то је оружје које нема пандана у свету.
Оружане снаге су употпуњене модернизованим носачима ракета, подморницама и бродовима.
Формирано је радарско поље Система упозоравања на ракетне нападе, који прати лансирања балистичких ракета.
Тестирање најновијих јединица руског наоружања је у току, укључујући и руску суперсоничну противбродску крстарећу ракету „Циркон“ и перспективни руски стратешки ракетни систем „Сармат“, као и друге напредне примерке наоружања.
Искуство руске војске у Сирији и „сиријски експрес“
Према мишљењу многих војних стручњака, организација војне операције против сиријских терориста у основи се разликује од акција руске војске 2008. године током грузијско-осетијског сукоба.
Добро обучене јединице руске војске притекле су 2015. године у помоћ сиријској влади.
Скоро цео летачки састав и већина официра Русије стекли су борбено искуство у Сирији. Поред тога, у борбеним условима је тестирано много јединица новог руског оружја, које је касније дорађено у складу са резултатима тестирања.
Војни стручњаци су за месец у Сирији успели да распореде групу на аеродрому „Хмејмим“ и да успоставе непрекидну испоруку оружја, муниције и горива, као и хране, лекова и других неопходних средстава. Ту логистичку операцију високо су оценили западни стручњаци.
Према саопштењу руског Министарства одбране, аналитичари НАТО-а назвали су руски систем доставе материјалних средстава у Сирију „сиријски експрес“.
Изградња војне инфраструктуре
Министар одбране не посвећује само велику пажњу изградњи војне инфраструктуре, него и изградњи стамбених објеката за војску, као и социјалних објеката.
Посебно се контролише изградња инфраструктуре, образовних и медицинских установа на Арктику.
Министарство одбране Русије, на челу са Шојгуом, иницијатор је формирања највећег омладинског покрета у Русији „Јунармија“, који, према речима министра, има за циљ да школује достојне грађане Русије, а не војнике.
Председник Географског друштва
Поред тога што се налази на дужности министра одбране Русије, Шојгу је и председникРуског географског друштва. Министар је више пута говорио о љубави према свом родном крају и тајги, која, по његовим речима, ствара осећај слободе.
Министар одбране сматра да сваки Рус треба да посети истакнута места своје земље, а активно промовише ту идеју кроз пројекте Руског географског друштва.
Колеге говоре о Шојгуу као о човеку који код других цени професионалне особине. У једном од својих интервјуа, говорећи о тајнама успеха, министар је рекао да „треба волети свој посао, своју професију, јер се наш свет све више претвара у свет тоталног менаџмента“.
Међутим, по мишљењу Шојгуа, ниједан „менаџер“ не може постати Тупољев, Иљушин или Курчатов.
Шојгу је више пута истицао да је спреман да ради било где и да се руководи принципом тимског рада.
„Ако сутра каже председник — треба да будеш шумар, идем да радим као шумар, па шта? Сматрам да је то главни принцип тимског рада“, оценио је Шојгу.