Шта је мутација?
Током репликације вирусног генома често се јављају грешке, обично су то тачкасте мутације - замене, пермутације генетског кода или нестанак. То је пре свега карактеристично за РНК вирусе којима припада и САРС-КоВ-2. Постоје специјални ензими за исправљање грешака, али они нису увек успешни у томе, па вируси често еволуирају.
У геному узрочника болести ковид 19 заштићена је информација о протеинима одговорним за репликацију и утицај на ћелије организма домаћина, као и за формирање вирусне честице, укључујући површински протеински трн. Уз његову помоћ, вирус се хвата за ћелију и улази унутра.
Одбрамбени систем организма препознаје у протеинском трну странца и производи посебне протеине-антитела, који неутралишу инфекцију. То је разлог што многе вакцине, као што су векторске, МРНК, подјединичне, увежбавају имунитет, имитирајући протеински трн. Њему су прилагођени и ПЦР тестови за откривање патогена.
Промене протеинског трна могу довести до тога да се не може открити вирус корона на тестовима, да на њега не утиче формирани имунитет и неке вакцине. Зато су научници од самог почетка епидемије селективно поделили геном патогена како би пратили његову еволуцију. Резултати из целог света се уносе у базу података ГИСАИД, у којој се сада налази већ више од пола милијарде узорака.
Прва мутација вируса корона, која је привукла пажњу, откривена је почетком пандемије у Кини. То је D614G, која се може дешифровати као замена у протеинском молекулу 614. аспарагинске аминокиселине (означено словом D) на глицин (G). Претпостављало се да се захваљујући овој мутацији вирус брзо проширио по целом свету. Али то није утицало на опасност вируса.
Британска верзија B.1.1.7
Научници су у јесен прошле године открили нову мутацију вируса у Кенту, па је зато вирус добио назив – кентски или британски. Убрзо је број оболелих порастао, многе државе су прекинуле контакте са Великом Британијом. Стручњаци су признали да је ова варијанта патогена заразнија. Додељен му је код VUI -202012/01, скраћеница VUI (Variant Under Investigation) означава опцију која се разматра, а затим у називу следе година, месец и број.
Средином јануара 2021. године на прес конференцији Агенције за здравље Велике Британије је објављено да нови сој вируса доминира у земљи и, према прелиминарним проценама, је опаснији. Затим је код промењен на VOC-202012/01, где је VOC (Variant of Concern) или сој који изазива забринутост.
VOC-202012/01 је настао од D614G и већ је формирао своју линију В.1.1.7. Има 14 мутација, од којих су три значајне, и све се налазе у протеинском трну.
Протеински трн (С-протеин) је велики, то је низ од 1.273 пептида, увијен и испреплетан. Његов део главе, фигуративно говорећи, има улогу кључа од браве за улазак у људски кавез. Научници пажљиво изучавају промене у овом кључу, па их је мутација N501Y одмах узнемирила. На први поглед то је само замена једне аминокиселине другом, али вирус је постао заразнији.
Још једна мутација P681H је пронађена на месту где се протеин цепа. Само по себи то је цепање и стварање новог САРС-КоВ-2. Научници сматрају да мутација чини патоген заразнијим. До чега ће довести његове промене, остаје да се види.
Трећа значајна промена је брисање 69-70 аминокиселине, односно брисање шест база у гену који кодира аминокиселине 69 и 70. Утврђено је да ово оно што збуњује неке ПЦР тестове, посебно системе TaqPath компаније „ThermoFisher Scientific“, који имају широку примену у Великој Британији. Тестови дају позитиван резултат ако се у узорку одједном нађу три трага патогена, од протеинског трна, нуклеокапсидног протеина (унутрашња љуска вируса) и неструктурних протеина. Брисање 69-70 се дешава тачно у подручју које тест анализира, па је резултат лажно негативан.
Међутим, Британци су ову „рупу“ у тестовима окренули у своју корист. Обзиром да се у 99,6 одсто случајева лажно негативни резултат поклапа са брисањем 69-70, што заузврат служи као маркер за VOC-202012/01, онда се према броју тестова може пратити ширење нове варијанте патогена у реалном времену. Он сада доминира у Великој Британији и брзо се креће по свету.
Пратећи контакте заражених овим сојем вируса корона, научници су открили да је брзина његовог ширења за 25-40 процената већа, него обично. Већи је и ризик од смрти за 1,65 пута, тврде експерти из групе за праћење нових вируса НЕРВТАГ. Процене су прелиминарне и ревидирају се са појавом нових података.
Нови мутант из Јужноафришке Републике
Већина варијанти вируса корона се појављује и брзо умире, само неке формирају линију, која је способна да пронађе нове жртве. Научници дуго нису могли да кажу, да ли нека од мутација има еволуционарну предност, да ли ће остати у популацији или ће нестати. Сада је другачија ситуација.
У Јужноафричкој Републици је откривена варијанта која садржи значајне мутације у протеинском трну. Једна је слична британском вирусу N501Y, друга је Е484К, која се такође налази у „главном кључу“. Како је доказано лабораторијским експериментима, такав мутант лакше избегава дејство антитела у плазми оних који су били болесни.
Сада се сој B.1.351 може наћи у више од двадесет земаља. А тачкаста мутација Е484К је забележена у различитим варијантама и у многим регионима. Вероватно се патоген мења, прилагођавајући се растућем колективном имунитету.
Мутант Р.1 је прилично жилав, он је крајем прошле године откривен у Јапану код путника из Бразила. Он има 17 мутација, укључујући и три мутације у протеинском трну: K417T, E484K, N501Y. У граду Манаус, где је примећен велики број оболелих, пронађен је у скоро половини тестова, што уједно указује на његову велику заразност.
У јануару је у САД-у откривен бразилски сој.
Ових дана је објављена информација о још једном соју вируса корона откривеном у Јужној Калифорнији, најнасељенијој држави САД-а. Ознака вируса је 20C/S:452R. Потребно је да се проучи колико брзо се шири, упозоравају аутори у „Часопису Америчког лекарског удружења“, укључујући епидемиолога Ентонија Фаучија из Центра за истраживање вакцина. Поред тога, калифорнијски сој има мутацију L452R у протеинском трну, наводе стручњаци, и то може ометати лечење ковида одређеним моноклонским антителима.
Зашто су нови мутанти вируса опасни?
Руски научници пишу о томе, да неке мутације нису случајне, већ су се појавиле као резултат одабране селекције. У јануару су објавили резултате декодираног генома вируса корона изолованог код жене која је била болесна од ковида 19 четири месеца. Због онколошких проблема имала је низак имунитет.
Вирус је еволуирао у телу и стекао две важне мутације протеинском трну: Y453F и брисање 69-70HV. Раније је ова комбинација пронађена код норки на фармама. Већ је познато да мутација појачава способност репликације вируса и могућност да побегне од заштитних и неких терапијских антитела. Постоји могућност да ће ова варијанта патогена доћи, из оболелог или организма норке, у општу популацију.
Прочитајте још: