Током рата Јапан је био савезник нацистичке Немачке и није престајао да прави планове уласка у рат против Совјетског Савеза, без обзира на споразум о узајамној неутралности који је потписан у априлу 1941. године у Москви. Током рата, јапанска страна га је више пута намерно нарушавала.
Владајући кругови и специјалне службе Јапана су велику наду полагали у употребу бактериолошког оружја. Оно се сматрало средством које може да има одлучујућу улогу у борби против непријатеља.
Израда таквог оружја и његово тестирање вршили су специјални одреди 731. и 100. Квантунске армије. Људе су заражавали бактеријама антракса, колере, тифуса и другим микробама. Већина њих је умрло у мукама. Они који би оздравили, поново су били заражавани, а затим умирали. Жртве јапанских милитариста су биле хиљаде људи.
Како показују документа, Јапан се спремао да покрене бактериолошки рат у јуну 1945. године. Међутим, Јапан је капитулирао у августу ове године.