Кијевско-печерска лавра један је од најстаријих православних манастира Древне Русије. Смештена је у центру Кијева. Сведочанство о оснивању Кијевско-печерског манастира наводи се у једном од древних руских споменика – хроници „Повест минулих лета“.
Манастир је основао 1051-1052. године монах са Свете горе Антоније Печерски у пећинама („печерама“, одатле и назив) Берестовског храма на десној обали Дњепра. Кијевски кнез Изјаслав Јарославич је 1062. године предао манастиру земљу изнад пећина где је био изграђен такозвани Горњи манастир. У периоду док је свети Теодосије Печерски био игуман, од 1073-1078. године изграђен је Успенски сабор, а број становника достигао је 100.
Од XI века манастир је постао највећи црквени и културни центар Древне руске државе, у њему су се писали летописи, формирала сопствена иконописна школа. Од XII века настојници манастира почели су да добијају чин архимандрита и тада је манастир почео да се назива лавром (посебна врста организације монашког живота, између друштвеног и пустињачког; касније су лаврама називани манастири од посебног историјског и духовног значаја).
Лавра је 1240. године опљачкана током монголско-татарског напада на Кијев, али је манастирски живот у њој ускоро био обновљен. У XIII-XVI веку територија на којој се простирао манастир, налазила се под контролом Велике кнежевине Литваније, а у XVI-XVII веку под влашћу Жечпосполите. Током 1590. године присталице потчињавања православне цркве римском папи (унијати) два пута су покушале да заузму манастир. Међутим, братија је пружила оружани отпор унијатима и одбранила манастир.
Цариградски патријарх Јеремија доделио је 1592. године Кијевско-печерској лаври статус ставропигије (односно, манастира, директно потчињеног патријарху).
Крајем XVI и у првој половини XVII века, у условима експанзије унијатизма, лавра је одиграла одлучујућу улогу у очувању православља у југозападној Русији. Током 1627-1647. године, за време управе митрополита Петра (Могиле), манастирска штампарија постала је један од водећих центара издавања православних књига у источној Европи.
У манастиру је 1631. године била организована највиша богословска школа Кијевско-Мохиљански колегијум (касније академија) која је постојала до 1817. године.Међу њеним предавачима и ученицима били су водећи руски просветитељи Симеон Полоцки, Теофан Прокопович, архиепископ Димитриј Ростовски, државник Александар Безбородко, композитори Дмитриј Бортњански и Артемиј Ведељ и други.
Кијев се 1654. године вратио под окриље руске државе (коначно је постао део Русије 1686. године). Од 1688. године Кијевско-печерски манастир је ставропигија Патријарха московског и целе Русије. Лавра је 1786. године била потчињена Кијевском митрополиту.
Све до 1917. године, манастир је био један од главних духовних и културних центара православне цркве, у њему су постојали велика библиотека, парохијска школа, издавачка кућа која је годишње штампала до 100. хиљада примерака књига и 130. хиљада летака и брошура и др.
У јануару 1918. године лавру су опљачкали црвеногардејски одреди, а њеног настојатеља Владимира (Богојављенског) убили. Након коначног успостављања совјетске власти у Кијеву 1920. године, на територији Лавре је основано неколико установа, међу којима град инвалида, Музеј култова и живота (1922) и др. Међутим до 1930. године у делу просторија лавре наставио је да постоји манастир, а у неким храмовима и даље су обављана богослужења.
Територија лавре је 1926. године проглашена историјско-културним државним резерватом и била је претворена у Свеукрајински музејски град, који је објединио комплекс музеја, библиотека и архива.
Трећег новембра 1941. године, убрзо након што је немачка војска окупирала Кијев, уништен је централни храм лавре – Успенски сабор (обновљен 2000. године).
Крајем 1941. године на иницијативу схиепископа Антонија (Абшидзеа) у делу лавре – Ближњих пешчерах, оживео је манастир који је постојао до 1961. године.
Током 1961-1988. године манастир је био затворен, на територији лавре функционисао је Кијевско-Печерски државни историјско-културни резерват.
У јуну 1988. године, неколико дана пре почетка обележавања свечаности поводом јубилеја хиљадугодишњице од покрштавања Русије, Кијевско-печерска лавра обновила је свој рад као манастир. Цркви су враћене Даље пешчере, а у фебруару 1990. године Ближе.
Комплекс грађевина Кијевско-печерске лавре 1990. године уврштен је у Унескову листу светске баштине.
Указом украјинског председника од 13. марта 1996. године, Кијевско-печерском историјско-културном резервату додељен је статус националног.
Одлуком Владе Украјине из 2013. године, 75 објеката Доње лавре предати су на бесплатно коришћење манастиру. Истовремено, остали су у државој својини, као и цео комплекс грађевина Горње лавре.