Он је умро у својој ћелији у притвору Хашког трибунала током суђења за ратне злочине и злочине против човечности на Косову и у Хрватској, и за геноцид у Босни и Херцеговини.
Пошто градске и државне власти нису дале дозволе које су тражили породица и високи финкционери Социјалистичке партије Србије (СПС) да се он сахрани у Београду уз државне почасти, сахрањен је у дворишту породичне куће своје супруге Мирјане Марковић у Пожаревцу.
После вишечасовног опроштаја и говора у Београду и Пожаревцу, сахрана је обављена у сумрак. Сахрани, која је обављена без верског обреда, није присуствовао нико од чланова најуже породице, јер, како су навели, нису добили довољне гаранције за своју безбедност.
Милошевићева супруга Мирјана Марковић напустила је земљу 23. фебруара 2003, а син Марко је отишао одмах пошто је Милошевић 5. октобра 2000. био принуђен да призна пораз на изборима за председника СР Југославије. Обоје данас живе у Русији, а кћерка Марија у Црној Гори.
Мирјани Марковић се суди у одсуству због злоупотребе службеног положаја и за њом је расписана потерница. Потерница је била расписана и за Марком Милошевићем, коме се, такође у одсуству, судило у Пожаревцу по тужби тројице „отпораша”, али је у међувремену ослобођен свих оптужби због апсолутне застарелости.
Милошевић је био лидер Социјалистичке партије Србије (СПС), два пута председник Србије, а потом председник СР Југославије.
Десетогодишња аутократска владавина Слободана Милошевића завршена је 2000. победом кандидата удружене Демократске опозиције Србије (ДОС) Војислава Коштунице на изборима за председника СРЈ.
После победе ДОС-а на тим изборима, 24. септембра 2000. године, не желећи да призна пораз, СПС и њен лидер су изазвали постизборну кризу која је запретила грађанским ратом у Србији. Криза је окончана 5. октобра после масовних демонстрација грађана широм Србије.
Ухапшен је 1. априла 2001. због злоупотребе службеног положаја, непуних шест месеци пошто је окончана његова владавина.
У мају 1999, у току НАТО бомбардовања, Хашки трибунал је подигао оптужницу против Милошевића због злочина током сукоба на Косову, а две године касније оптужницу због злочина у Хрватској. Крајем 2001. оптужен је и за геноцид над муслиманима и Хрватима у БиХ.
На основу Уредбе Владе Србије, Милошевић је Хашком трибуналу изручен 28. јуна 2001, тачно 12 година после говора на Газиместану.
