Генерал Толимир био је помоћник за обавештајно безбедносне послове некадашњег команданта Војске Републике Српске Ратка Младића, којем се такође суди у Хашком трибуналу.
Судско веће је 2012. године већином гласова установило је да је Толимир био члан тзв. заједничког злочиначког подухвата, чији је циљ био убиство муслиманских заробљеника из Сребренице и протеривање цивила са тог простора.
Толимир је био присутан и у Сребреници и Жепи у јулу 1995. године, када је извршен тај злочин, и не само да је знао шта се дешавало у том граду, него је делио геноцидну намеру и лично предлагао убијање избеглица, а потом помагао у прикривању злочина, утврдиле су судије.
Толимир је ухапшен крајем маја 2007. године.
Здравко Толимир није једини официр ВРС који је због злочина у Сребреници осуђен на најтежу казну. Доживотни затвор првостепеном пресудом одређен је и Љубиши Беари, начелнику за безбедност Главног штаба ВРС и Вујадину Поповићу, бившем потпуковнику Дринског корпуса. Драго Николић, потпоручник Зворничке бригаде осуђен је на 35 година затвора, а на исту казну правоснажном пресудом осуђен је и некадашњи командант Дринског корпуса Радисав Крстић.
На вишегодишње казне затвора осуђено је још десетак официра ВРС-а укључујући и оне који су признали кривицу.
