Микојан је читав живот радио у конструкторском бироу свог стрица. Он је био познати инжењер, заменик главног конструктора.
Иван Микојан је један од твораца вишенаменског ловца МиГ-29, за шта је два пута био награђиван државном наградом. До краја живота он је био саветник Руске корпорације за производњу авиона МиГ.