Трамп је сменио Комија 9. маја. У Белој кући су нагласили да се то десило због председниковог „губитка поверења“. У пропратном писму руководиоцу ресора, шеф државе је саопштио да је донео овакву одлуку након препоруке генералног тужиоца, министра правде Џефа Сешонса.
Према Комијевој верзији, мешутим, разлог за нерасположење новог председника према њему био је заједнички ручак који је одржан у Белој кући у јануару, само неколико недеља након Трампове инаугурације. Како пише лист, за време ручка Трамп је неколико пута замолио шефа ФБИ да потврди своју лојалност, али је као одговор Коми изјавио да председник може рачунати само на његово „поштење“.
У Белој кући су изјавили да ова информација није истинита. Сам Трамп је у интервјуу телевизији Ен-Би-Си испричао о заједничком ручку са Комијем, али није поменуо разговор о лојалности. У опроштајном писму након оставке, Коми је навео да шеф државе може да отпусти шефа ФБИ „из било којег разлога, или без икаквог разлога“ и нагласио да не намерава да „троши време за разговор о тој одлуци и ономе што је реализовано“.
