Батаковић је рођен у Београду, где је завршио студије историје на Филозофском факултету 1982. и магистрирао 1988, а докторирао је 1996. године на Сорбони у Паризу.
У Историјском институту радио је од 1983. до 1992. године, када прелази у Балканолошки институт САНУ. Био је члан уредништва „Књижевне речи“ (1985-1989), „Задужбине“ (1990-1994) и „Књижевних новина“ (1991-1998).
Од априла 1998. године на Филозофском факултету у Београду предаје Увод у историјске студије и Општу историју новог века. После мандата амбасадора у Грчкој (2001-2005), Батаковић је у јулу 2005. именован за саветника председника Србије.
У октобру 2005. изабран је за директора Балканолошког института САНУ, а на тој функцији је поново од фебруара 2013. године.
Био је члан Државног преговарачког тима о будућем статусу Косова и Метохије од новембра 2005. до јула 2007. године, када је именован за амбасадора Србије у Канади.
У јануару 2009. постављен је за амбасадора Србије у Француској и на тој функцији је био до 2012. године. Батаковић је био и шеф делегације Србије при Међународном суду правде у Хагу од 2009. до 2011. године.
