Највише граничних спорова имају Хрватска и Србија. И док се одлука око хрватско-словеначког спора у Пиранском заливу очекује данас, остали спорови још чекају решење.
Пирански залив
Основ спора је у томе што Хрватска сматра да граница треба да иде средином Пиранског залива, док Словенија сматра да треба да јој припадне цео залив, укључујући и четири засеока уз реку Драгоњу. Да ће арбитража одлучивати о граници две републике наговештавано је још 1995, а односи између Словеније и Хрватске заоштрили су се идуће године, када је Хрватска у правилнику о рибарењу назначила да граница иде средином залива.
Уз повремене инциденте, отежавање приступања Хрватске ЕУ, прихватање и одбијање међународне арбитраже, афере са прислушкивањем високих функционера, одлука о томе како ће Пирански залив бити подељен, очекује се данас. Она ће дати и одговор има ли Словенија излаз на отворено море.
Српско-хрватска граница на Дунаву
У доба СФРЈ, међурепубличка граница између Србије и Хрватске ишла је матицом реке Дунав. Проблем је, међутим, што је Дунав у међувремену променио ток, тако да између Србије и Хрватске постоји спор за око 11.000 хектара земљишта — 10.000 хектара које Хрватска потражује остало је на српској страни, док је око 3.000 остало на Хрватској. У центру пограничног спора су Вуковарска и Шаренградска ада.
Босна и Херцеговина — Хрватска
Постоји спор о томе да ли острвца Мали и Велики Шкољ припадају Хрватској или БиХ. Хрвати су забринути да, ако острва припадну БиХ а на њима се изгради лука, власти неће водити рачуна о очувању животне средине, што ће нанети штету локалном туризму. Такође, између Хрватске и БиХ постоји спор око изградње Пељешког моста, који би требало да пређе изнад босанских територијалних вода.
Дрина као граница
И река Дрина мењала је свој ток, па је више хектара земље које припада српској катастарским општини Богатић остало на страни БиХ. Таква ситуација ствара велике проблеме власницима њива које су се, стицајем околности нашле на супротној страни, јер им је за свакодневни прелаз међудржавне границе потребан, на пример, зелени картон за тракторе. Решење овог спора отежавају одлуке дејтонског споразуме, према чијим одредбама граница Србије и БиХ иде матицом Дрине.
Чакор „напада“ Приштину
Проблеми са разграничењем Црне Горе и такозване државе Косово настали су у тренутку када је ова република признала једнострано проглашену независност јужне српске покрајине. Проблем је у око 900 метара границе, која је укупно дуга 79 километара, на планини Чакор, за коју и Косово и Црна Гора тврде да им припада. Уништавање обележја Црне Горе и инциденти прате овај спор. Такође, суштина је да је то граница Србије са Црном Гором, а не непризнатог Косова.
Превлака — најдужи спор
Са овим стратешки важним полуострвом на улазу у Боку Которску, почели су сви гранични спорови бивших југословенских република. Спор око Превлаке постоји од првих дана сукоба у бившој Југославији. После демилитаризације јужног дела овог полуострва и присуства снага УН, 2002. усвојен је још важећи Протокол између Црне Горе и Хрватске о привременом режиму те области. Дуго најављивано решавање овог спора пред међународним судом прекинуто је спорењем Црне Горе и Хрватске око одређивања граница на мору у циљу истраживања нафте и гаса.
Суторина једина решена
Суторина, бококоторско село са око петсто становника, једини је међугранични спор који је између бивших југословенских република решен договором. Суторина је до 1947. припадала БиХ, када је усменим договором између црногорских и босанскохерцеговачких комуниста (Блажо Јовановић и Милован Ђилас са црногорске и Авдо Хумо и Ђуро Пуцар Стари са босанске стране) Суторина са селима Игало, Сушћепан, Пријевор, Ратишевина и Крушевице припало Црној Гори.
27. августа 2015, председништво БиХ прихватило је споразум о разграничењу са Црном Гором, што је био први споразум те врсте између бивших југословенских република. Тим споразумом је и Република Српска изгубила излаз на море.
