Он је, међутим, поводом масакра у Сребреници оценио да су појединачни злочини над Србима неупоредиви с покушајем искорењивања Бошњака.
„Почетком свог првог мандата 2010. у једном интервјуу изразио сам жаљење за све злочине које је Армија Републике Босне и Херцеговине починила према Србима. Изразио сам саучешће и упутио извињење. Након те изјаве био сам изложен снажном медијском притиску у БиХ. Такво саучешће упућујем поново и спреман сам да одем на свако место страдања Срба у Босни и Херцеговини“, рекао је Изетбеговић.
Он је, одговарајући на питање „Данаса“ због чега нико до сада није осуђен због стравичних злочина над Србима у селима Подравање, Брежани, Залазје, Обади, Андрићи и Кравице, одговорио да је пре неколико месеци покренуо иницијативу за обилазак места страдања свих народа у БиХ и да ће она ускоро бити реализована.
Изетбеговић је, говорећи о доласку Александра Вучића 11. јула у Сребреницу, рекао да је та одлука на премијеру Србије и оценио да Вучић није иницирао хапшење Насера Орића, већ да га је тај догађај изненадио и „угрозио његову добру намеру да поправља односе“.
Изетбеговић је казао и да не разуме зашто је за српски парламент важно да не призна да се, како сматра, у Сребреници догодио геноцид и додао да не очекује да Милорад Додик затражи у УН вето од Русије по том питању, јер је та земља признала геноцид у Сребреници.