Истим решењем, Апелациони суд је наложио да му се због битних повреда одредби кривичног поступка суђење за утају пореза понови пред Специјалним судом у Београду.
Укинутим делом пресуде Мишковић је 20. јуна 2016. био осуђен због кривичног дела утаја пореза извршена помагањем.
По налажењу Апелационог суда нема доказа да је Мишковић извршио кривично дело злоупотребe положаја одговорног лица у вези са путарским предузећима.
У осуђујућем делу пресуде, који је укинут, по налажењу Апелационог суда, првостепена пресуда садржи битну повреду одредаба кривичног поступка „будући да су у образложењу пресуде изостали разлози о одлучним чињеницама, а они разлози који су дати су у знатној мери нејасни и противуречни“.
Суђење ће му се сада поновити само по делу оптужнице тужилаштва за организовани криминал која га терети за помагање сину Марку у утаји пореза по одбитку од капиталног добитка из пословања путарских предузећа.
Мишковићу је суђење због здравствених проблема у децембру 2015. године раздвојено од процеса против његовог сина и осталих оптужених.